西南大学百余年建校史中，经过全体西大人的不懈努力，西南大学已建成历史博物馆、美术馆、自然博物馆、植物标本馆、昆虫馆、柑桔馆、动物科学国家级实验教学示范中心（西南大学）标本馆等多个专业馆，服务于教学科研及文化展示。

为有效发挥高校博物馆在教学科研、文化育人等方面的功能，学校整合校内各专业馆资源，2014年在北碚校区建成中心馆——西南大学博物馆，建筑面积21185平方米，馆内设有基本陈列厅、临时展厅、专题展厅、阳光大厅以及配套的公共教育区和服务区。现有藏品一万余件，品类包括石器、陶器、玉器、瓷器、青铜器、书画、织绣、动植物标本等。藏品绝大多数来自历史文化学院 民族学院、美术学院、植物保护学院、园艺园林学院、生命科学学院等教学单位所属专业馆自上世纪50年代以来的历年收藏。

目前，博物馆正在建设历史馆、民族馆、美术馆、自然馆基本陈列展览。历史馆、民族馆依托历史博物馆建立，历史博物馆始建于1956年，其前身为西南师范学院历史系文物陈列室，现有藏品8000余件；美术馆其前身为1997年成立的西南大学美术馆，现有藏品1000余件；自然馆依托自然博物馆、植物标本馆、昆虫馆等资源建立，自然博物馆前身为西南师范大学自然博物馆，最早始建于1953年，植物标本馆前身为西南植物标本馆，由我国著名植物分类学家方文培教授于1951年建立，昆虫馆始建于1950年全国大专院校调整时，包括了来自四川大学、西昌技专和贵州大学的标本。

除基本陈列外，博物馆每年举办临时展览、专题展览十余次，接待人数近三万人次。