西南大学档案馆于2005年由原西南师范大学档案馆（1992年成立）、原西南农业大学档案馆（1999年成立）合并组建而成，2014年学校机构设置调整为西南大学档案馆（含校史馆、博物馆），2019年调整为西南大学档案馆、校史馆、博物馆，实行三馆一体化管理，位于教学示范楼（鉴知楼），建筑面积28894平方米。

档案馆：馆藏西南大学、西南师范大学、西南农业大学、四川畜牧兽医学院、中国农科院柑桔研究所、重庆轻工业职工大学等6个全宗。

博物馆：始建于1952年西南师范学院图博科文物陈列室、由历史博物馆、美术馆、自然博物馆组成。

校史馆：在原西南师范大学、原西南农业大学校史陈列室的基础上新建而成。