西南大学档案馆于2005年由原西南师范大学档案馆（1992年成立）、原西南农业大学档案馆（1999年成立）合并组建而成，2014年学校机构设置调整为西南大学档案馆（含校史馆、博物馆），2019年调整为西南大学档案馆、校史馆、博物馆，现设综合科、档案收集指导部、档案保管利用部、信息技术部、校史工作部、博物馆工作部6个部门。
西南大学档案馆、校史馆、博物馆位于鉴知楼，2015年开工建设，2016年竣工，建筑面积28894平方米。
西南大学档案馆馆藏西南大学、西南师范大学、西南农业大学、四川畜牧兽医学院、中国农科院柑桔研究所、重庆轻工业职工大学等6个全宗。
西南大学博物馆始建于1952年西南师范学院图博科文物陈列室、由历史博物馆、美术馆、自然博物馆组成。
西南大学校史馆于2016年在原西南师范大学、原西南农业大学校史陈列室的基础上新建而成。